Допустим у нас есть 2 базы данных: main и loger.

Теперь можем прописать наши базы данных в файле конфигураций /protected/config/main.php, или добавить вторую БД если одна уже есть.

<?php

'components'=>array(

    //...

    'db'=>array(
        'class'=>'system.db.CDbConnection',
        'connectionString'=>'mysql:host=localhost;dbname=main',
        'username'=>'root',
        'password'=>'',
        'charset'=>'utf8',
    ),
 
    'loger'=>array(
        'class'=>'system.db.CDbConnection',
        'connectionString'=>'mysql:host=localhost;dbname=loger',
        'username'=>'root',
        'password'=>'',
        'charset'=>'utf8',
    ),

    //Здесь можно подключить нужное количество БД по аналогии
    //...

),

Теперь при генерации модели с помощью gii в поле Database Connection прописываем loger для базы данных loger и оставляем db для основной БД.

Все, теперь можете работать со второй БД. Например есть у нас таблица payLog в БД loger. Сделаем выборку всех записей:

<?php

//...
$model = PayLog::model()->findAll();
//...

Если Вы не используете gii для генерации модели, то в модель необходимо добавить следующее, пример для таблицы payLog:

<?php

class PayLog extends CActiveRecord {

    //...
 
    /** 
     * @return CDbConnection подключение к базе данных 
     */ 
    public function getDbConnection(){
        return Yii::app()->loger;
    }
 
    /**
     * @return string имя таблицы вместе с именем БД
     */
    public function tableName(){
        return 'loger.payLog';
        //или
        //return 'payLog';
    }
 
    //...
}